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針對媒體報導，10日於澎湖發生船難之科技部國研院海研五號，為了達到省錢目的，其船長為委外派遣，國研院11日晚間發表新聞稿指出，海洋研究船為研究探測之必備工具，其航海實務並不屬於海洋中心成立之研究目標。也表示媒體以「派遣工」形容船務操作專才，有貶低船務操作專業之嫌。國研院也澄清，此次招標公開評選海研五號之船務委外廠商時，採最有利標而非最低標方式決標，表示船務操作委外管理之目的並非為了節省經費。至於此次事件是否有船務人為疏失，科技部與國研院均尊重海事專業之調查結果。
針對新手傳聞，國研院駁斥並非事實，表示委外之船務公司為提高人力運用效率，可視海研五號及其他船舶之船期機動調動人員互相支援，但不允許固定時間整組輪替的情形發生。海研五號本航次之主要船員均具備本船之操作經驗，並非新手。
國研院指出，國外也有很多以委外方式操作研究船之案例，如鄰近日本，研究船規模更大於海研五號，亦以委外方式辦理。此外利用委外方式，因為若於海洋中心之編制內設置船務操作編組，不符合中心成立之目的，也無法以具競爭力之待遇吸引船務操作專才。基於專業分工的原則，才委外方式辦理船務操作，且委外專才均需具備相關證照，與「派遣工」層次相差很多。
此外，國研院說明，在管理實務上，操控科學儀器與船務操作係不同之專業，分工明確，且皆由專業人員負責操作，方為最適當之執行方式。負責船務操作之船員的屬性與海洋中心的研究探測技術人員相差極大；船員的管理係根據«船員法»，而海洋中心人員是根據«勞基法»。將船員的調度、差勤、考績等管理事務，交由委外公司負責，有利於海洋中心的研究及技術人員專注於海洋科學研究及探測作業，也有利於提升管理效率。
國研院補充，船長黃余發先生為例，從2003年起即擔任建和、祥和、勝和等多艘不同大型噸位船隻之船長，相關經歷超過10年。再以輪機長許祖雄先生為例，曾經擔任長運、軒轅二號、竹明輪等大型船隻輪機長，資歷已近30年。以上說明船務人員之資歷，係在於強調透過委外機制所引進之專業能力。◇
