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據《英國皇家學會學報》的研究發表，研究人員說，亞馬遜河流域不是原始熱帶雨林，而是經過原住民改造了幾千年的森林。亞馬遜的史前文化很發達，人口數最高達5千萬，他們種植莊稼、水果，有發達的陸地運輸管理系統，形成各種各樣的生活區。
據《每日郵報》報導，科學家發現至少在公元前3000年，就已經有很多民族在亞馬遜流域生活。他們至少培養了83種農作物，耕種收割，其生活廢棄物讓局部土壤肥沃，形成亞馬遜特有的黑土（terra preta），而這些黑土又對當地的生態產生更深入的影響。
人類活動改變流域
專研亞馬遜流域的巴西歷史生態學家查理斯‧克萊門（Charles Clement）博士說：「在黑土化程度很高的區域，可見原住民栽種的植物與人口數量應該是很大的，而這樣的區域總面積占亞馬遜流域的0.1%。」
克萊門的科研組發現，原住民有悠久的歷史，因此其活動造成亞馬遜特有的黑土總面積為15.4萬平方公里，約占雨林面積（550萬平方公里）3%。克萊門指出：「原住民的技術不僅能不斷地改變森林狀態，還能有效地進行森林管理。」而在最近幾百年內，由於西方殖民者的入侵及疾病的原因，部分地區才恢復成原始狀態。
全新世曾高度開發
克萊門經過廣泛的研究確定，在全新世的中期（Mid-Holocene，約5千~6千年前），亞馬遜的原住民已有陸地管理系統，因此人口和糧食產量都迅速增多。
科研人員曾在河的兩岸發現能容納1萬人口的城鎮遺址，其中有溝渠、人行道和墓地。遺址周邊有範圍達10公里的果林，可能種植巴西堅果、棕櫚樹、果樹等。克萊門推測，到1492年，糧食生產工程可以贍養至少800萬人口。當時，整個流域已成為多樣化的居住區，人們建立了可持續利用的作物和土地資源，包括土木工程。◇
