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臺灣南美洲唯一邦交國巴拉圭深受疫情肆虐，傳出中共以「疫苗外交」手段提供巴國中國製疫苗，藉此交換深化中巴外交關係；為了鞏固邦交，我國轉讓200萬劑AZ疫苗給巴國。對此，外交部駁斥並說明，我國正透過不同管道協助巴國取得疫苗，但與臺灣買的疫苗無關，也不影響兩國邦交。
巴拉圭總人口700萬，已有18萬人染疫、死亡逾3千例，COVAX全球疫苗第一輪分配，巴拉圭只獲得3.6萬劑疫苗，近期當地爆發民眾不滿上街示威，為緩解疫情情勢，傳出巴拉圭向中國洽購疫苗，引發臺巴邦交危機。有媒體報導，「臺灣向AZ洽購4千萬劑疫苗中將先讓出2百萬劑供巴國先取得」。中共官媒見縫插針，《環球時報》報導，巴拉圭轉向恐怕是早晚的事，企圖以疫苗外交搶臺灣邦交國。
對此，疫情指揮中心指揮官陳時中17日澄清「我們沒有本錢轉讓」這是錯誤訊息，目前全球疫苗市場是買方市場，疫苗國人優先施打，轉讓疫苗國際援助可能要到年底了。
外交部拉美司長俞大㵢指出，我國買AZ疫苗1千萬劑而非4千萬劑，巴國媒體報導有誤，雙方已同意將來如簽約取得疫苗，可挪用臺巴5年計畫部分經費去買，但這跟臺灣轉讓疫苗謠言完全無關。
外交部長吳釗燮證實，16日晚上兩國外長確實有通電話，確保兩國情誼不變，我居間協助巴國洽購及取得疫苗，也確保兩國在防疫上會繼續合作。
對於巴拉圭將洽購中國疫苗，外交部說明，由於COVAX答應巴國的第一批30萬劑疫苗遲未確認運抵日期，巴國政府正全力洽購各國疫苗，陸製疫苗也是考量之一，巴國已向我國政府進行說明並公開強調，向中國洽購疫苗不影響臺灣外交關係。
