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衛福部健保署2011年起釋出健保資料供醫療與公共衛生研究使用，但台灣人權促進會質疑此舉已侵犯民眾的隱私權，窮盡審級救濟途徑後，申請釋憲。憲法法庭12日宣判，相關法規欠缺個資保護獨立監督機制、缺乏民眾選擇不參與的機制，應於三年內完善法制作業。
台灣人權促進會、民間監督健保聯盟、台灣女人連線等民間團體質疑，衛福部的健康資料加值應用中心（現為資料科學中心）及國家衛生研究院的全民健保研究資料庫，將全民健保資料釋出給第三方應用並與其他檔案串聯，卻無明確的立法授權，不僅未事先取得民眾同意，也無法退出，更缺乏獨立、公開的評估機制，有侵犯隱私權的疑慮。
衛福部主張，臺灣防疫成就的關鍵因素就是善用健保資料庫與移民、海關資料串聯，「退出權」雖應予保障，但若大法官宣告違憲，要求資訊完全去識別化或讓民眾有無條件退出資料庫的權利，恐造成取樣偏誤，進而引發防範疾病的危機。健保署也認為，個資退出權應由立法機關規劃，大法官不應宣告違憲。
憲法法庭審理認為，《個人資料保護法》第6條第1項但書第4款規定，健保資料庫若經過處理，成為無法辨識特定當事人的方式，可供公務機關或學術研究機構基於醫療、衛生等目的做統計或學術研究，符合法律「明確性原則」及「比例原則」，並不抵觸《憲法》第22條保障的人民資訊隱私權。
但憲法法庭指出，《個人資料保護法》或其他相關法律規定，欠缺個人資料保護的獨立監督機制，對個人資訊隱私權的保障不足，而有違憲之虞，相關機關應自本判決宣示日起三年內制定或修正相關法律，以建立保障隱私權的相關法制。
而個人健康保險資料得由健保署以資料庫儲存、處理、對外傳輸，以及對外提供利用的主體、目的、要件、範圍、方式，還有相關組織上、程序上的監督防護機制，憲法法庭認為，在《全民健康保險法》第79條、第80條及其他相關法律中，均欠缺明確規定，違反《憲法》法律保留原則及保障人民資訊隱私權意旨，應於宣判日起三年內修法或制定專法。
至於資料被應用的民眾能否退出，判決指出，健保署在原始蒐集目的外，提供民眾個人健保資料給公務機關或學術研究機構利用，但相關法制皆欠缺當事人得請求停止利用的相關規定，同樣違反《憲法》保障人民資訊隱私權意旨。相關機關應於宣判日起三年內修法，明定請求停止及例外不許停止的主體、事由、程序、效果等事項。◇
