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為期2天的台日經貿會議11月30日閉幕，由於適逢上週公投結果揭曉，我國決定持續禁止進口日本核災區食品。外交部台灣日本關係協會副祕書長林慶鴻證實，日方確實在會議中提出開放日本食品，希望我方基於科學證據處理。不過，日方也理解台灣通過的公投結果。
台日經貿會議最後一天，由台灣日本關係協會會長邱義仁、日本台灣交流協會會長大橋光夫簽署台日優質企業相互承認協議、台日中小企業合作等4項合作備忘錄，包括台日醫療器材品質管理系統合作備忘錄、台日檔案資訊交換相互合作備忘錄、台日中小企業支援及促進中小企業合作備忘錄，以及台日年輕研究者共同研究事業實施備忘錄。
台灣公投結果公布後，日本外務大臣河野太郎29日表示遺憾，不排除訴諸世界貿易組織（WTO）的貿易爭端解決機制。總統蔡英文同日接見大橋光夫時，重申希望在日本政府支持下，參與跨太平洋夥伴全面進步協定（CPTPP）第二輪談判，並強調現階段台日關係穩定，希望未來加強交流。
外交部台日關係協會祕書長張淑玲指出，台日的溝通管道暢通，外交部會持續懇切溝通，尋求理解，盡最大努力避免公投結果影響台日關係。日方也會提供更多科學證據，讓台灣民眾安心，不應因為單一議題而影響整體台日關係。◇
