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國民黨立委翁曉玲等人提案修法，針對司法院、監察院、國家通訊傳播委員會等單位的代理制度規範，代理首長不得超過六個月，且不得再次代理。對此，法務部長鄭銘謙25日表示，若沒有正式或代理檢察總長，這會影響人民的訴訟權利，而且只有總長才能督率檢察官偵辦妨害選舉的案件，對民主政治會有妨害。
法務部書面報告指出，檢察總長依法負有指揮監督全國檢察官、提起非常上訴等關乎人民訴訟權益之核心職能，為避免機關因首長出缺影響運作，有指定代理之必要，鑒於歷次檢察總長出缺，現行運作之代理機制均能保障人民訴訟權益，並維持國家機關正常運作，足以因應過渡時期之需求，故目前並無推動修法增訂規範的急迫性與必要性。
司法院指出，面對府院間關於同意權行使之僵局，在僵局化解前，代理制度之功能即在於確保司法權仍能實質存續、穩健運作。至於司法院長能否順利產生，端賴行政與立法兩權之折衝協調與協力，與代理制度無涉，亦無可能透過改變現行代理制度化解政治僵局。
司法院表示，現行代理制 度確已發揮使司法穩定運作的功能，並使司法免受政治 干擾，自不應貿然改變代理制度，如：頻繁更替代理院長、僵化切割代理期限，反而使司法行政陷入不安，各項改革政策難以延續。
監察院指出，提名權及同意權行使，分屬總統及立法院各自之憲法職權，恐難以修正組織法之法律層次增加代理期間限制，強制憲政機關於一定期間內完成正式提名及同意程序；且院長肩負院務統籌及對外代表等重要職責，如頻繁更換代理人，恐對院務推展之穩定性及政策延續性產生影響。
監察院認為，若總統提名並經立法院同意，由總統任命之監察委員，均已代理院長各6個月後， 而該屆監察委員任期尚未屆滿，致生無人得再代理院長之情形，亦恐影響監察院業務之正常運作及憲政機關職權之行使，允再予審酌考量。
立委張雅琳詢問，若代理檢察總長只能六個月，之後仍未完成正式任命也無人代理，將會如何？法務部長鄭銘謙表示，只有檢察總長才能具名提起非常上訴，非常上訴就是法律救濟，所以這會影響人民的訴訟權利；只有檢察總長才能督率全國各級檢察官偵辦妨害選舉的案件，若沒有任命通過也無代理制度，對民主政治會有很大的妨害。
立委莊瑞雄指出，一批批的封殺會造成寒蟬效應，有時候不用在立法院投票，他就能猜到結果。鄭銘謙坦言，他們有徵詢過，「沒人有意願」，意願很低，因為要提名總長，需要德高望重、品德學經歷豐富，而且在檢察官中有一定威望，要提誰總要有意願，但每個都拒絕，變成很困擾的問題。
