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第二期公費醫師將於明年招生，服務年數將從現行6年延長為10年。儘管衛福部本意為支援偏鄉醫療，但沒有協調、突襲宣布，也引發醫界撻伐，呼籲衛福部應立即「懸崖勒馬」，而有前立委表示「支持」，但認為，訓練制度等內容也應納入改革範圍，才能讓公費醫師不再感覺被剝削。
據媒體報導，第一期五大科公費醫師培育計畫將開始受訓、下鄉服務6年；第二期公費生也將於2021年開始招生，今年有多所大學宣布要增設醫學系、招收公費生。相關醫學院10月初收到衛福部公文後卻發現，第二期公費生服務年數將延長為10年。
計畫倉促決定 醫界：衛福部應「懸崖勒馬」
訊息一出，也引發醫界議論甚至撻伐，北市聯醫胸腔重症醫師蘇一峰在臉書發文表示，衛福部常常不事前告知、突襲宣布，這次延長公費醫學生下鄉服務時間，中間沒有任何協調、開會，直接就是送公文要求學校配合；台北市醫師職業工會3日認為，衛福部倉促片面決定，缺乏正當性亦無溝通的誠意，呼籲衛福部應立即「懸崖勒馬」。
支持服務年數延長 前立委：改革也應列入其他部分
而前民進黨立委林靜儀則是發文表示，「我是支持延長的」，但她同時認為衛福部應該也要將，「公費醫師訓練制度」及「區域平衡與永續分級的醫療體系服務制度」等內容納入改革範圍。
林靜儀指出，過去衛福部缺乏長遠10年、30年、50年的醫療資源與服務輸出的制度規劃，公費醫學生未在漫長受訓過程被賦予明確的訓練目標和職務需求培力，只被當成短期人力消耗，才讓公費醫師制度失敗且提供者和被服務者都充滿怨念。
林靜儀認為，公費醫師服務年限不該只是討論年限，從訓練、養成、分發制度、服務期間（就像軍人服役）業務與薪資保障、服務期間的再訓練與進修和後續晉升制度，都要一併重新改革。相信那是讓公費醫師不再感覺剝削，甚至成為國家炙手可熱重要醫療骨幹的起點。
衛福部：第二期計畫是從體質上調整
對此項規劃，衛福部常務次長石崇良則是表示，公費醫師是國家重要人才，但公費醫師服務期間缺乏進修機會，過去常被詬病，而第二期計畫重點並非只有拉長服務年數，還有多項配套措施，能夠保障進修，並有助於職涯發展，偏鄉民眾也能享有完整穩定，且不中斷的醫療服務。
衛福部醫事司長劉越萍則是表示，第二期計畫從體質上調整，拉長公費醫師服務年限為10年，但其實過去公費生無法保證能在醫學中心受訓，新制保障可在醫學中心受訓，確保學習品質，至於薪資福利部分，則是尚未定案，仍待討論中。
