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校長遴選制度的目的是為校舉才，不過教師團體提到，這項制度實施15年來，出現不少問題，包括候用校長名額太少、同額遴選情形嚴重、教師組織參與空間不足，呼籲教育部出面糾正，並檢討校長遴選制度的缺失。
全教總30日舉行記者會指出，過去國中小校長人選都是官派，以致走後門、關說請託情況相當嚴重。為回歸教育中立與專業，教育部於1999年完成《國民教育法》修法，規定國中小校長必須以遴選方式產生，但遴選辦法由各縣市訂定，全國還有金門縣和苗栗縣存在「縣長圈選校長」的制度。
全教總指出，金門縣和苗栗縣雖然有遴選委員會辦理校長遴選作業，但卻是由遴選委員會選出2至3人後，再交由縣長決定，最終人選由縣長圈定，等於給了縣長安插人事的空間。
全教總理事長張旭政認為，這樣的一個規定其實根本和遴選精神背道而馳，盼落實校長遴選的精神，尤其是還要給縣長遴選這樣的規定應盡快廢除。
教育部國教署長吳清山回應表示，每個地方政府都應依《國民教育法》和相關遴選辦法辦理遴選，最重要的是過程須公正、公開、公平，國教署會再了解各縣市的校長遴選辦法，若有不當措施，將要求改進。
吳清山認為，校長遴選必須依法行政，候用校長能否當上正式校長，要憑自己的實力，不鼓勵攀附關係。教育部也會審視各縣市遴選辦法，確定都符合《國民教育法》規範。
苗縣府：校長遴選完全合法
而針對全教總30日質疑國中小校長遴選，最後一關由縣長圈選，違背遴選精神。遭點名的苗栗縣發出書面回應，說明遴選作業依據苗栗縣立國民中小學校長遴選自治條例辦理，完全合法。
縣府指出，今年校長遴選作業已經完成，共遴選出44人。遴選委員會由縣府祕書長擔任主席，邀請縣內教師組織、家長組織、遴選學校教師代表及家長會代表擔任遴選委員，選出1名適當人選，再交由縣長遴聘確認，並非由遴選委員會選出2至3人，再讓縣長圈選。◇
