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基因改造（中國稱轉基因）食品是中國最具爭議的公共政策問題之一。2009年由中共農業部頒發的兩張基因改造水稻安全證書和一張基因改造玉米安全證書於2014年8月17日到期。安全證書是否續簽成功，專家表示「不方便透露」，讓基因改造食品安全再次引發關注。
2009年中共農業部批准了兩種基因改造水稻、一種基因改造玉米的安全證書，中國成為世界上第一個給主糧頒發基因改造安全證的國家——在沒有長期動物實驗的前提下，中國人成了實驗品。
據中國媒體報導，農業部於1999年受理了cry1Ab/cry1Ac基因抗蟲水稻「華恢1號」及雜交種「Bt汕優63」這兩種基因改造水稻的安全評價申請，並於2009年8月17日頒發了安全證書，有效期為5年。
基因改造水稻研發團隊成員、華中農業大學教授嚴建兵8月16日稱，安全證書是否續簽成功「不方便透露」。
Bt蛋白是殺蟲農藥
北京大學醫學部王月丹教授說，「Bt汕優63」Bt蛋白是用在農作物上用來殺蟲的農藥。蟲子吃了這種基因改造的大米會死掉。但這種蛋白會不會對哺乳動物和人體健康有威脅，這方面的實驗做得並不是很充分。
中國工程院院士、水稻專家袁隆平表示，抗病抗蟲的基因改造食品是毒蛋白基因，蟲子吃了要死，人吃了會怎麼樣？大家要特別小心。
為解決糧食危機
水稻是中國的主糧。中國一半以上省分被曝出現「糧荒」，中共大力推廣基因改造是為解決糧食危機。有中國專家透露，中共農業部自1996年以來頒發的各類基因改造生物安全證書就達1,110份之多。
官員吃特供
中共雖然在媒體上宣傳基因改造食品安全無害，但中共高官員甚至在北京奧運會、上海世博會、廣州亞運會期間，全部要求特供（綠色無污染）食品，並嚴禁將基因改造食品供給外賓。
據專家估計，截至目前，進入中國人食物鏈的基因改造食品起碼超過了2千萬噸；這些原料到底製成了多少食品，吃進了老百姓的肚子，老百姓並不知道。一些產品明明是含有基因改造的，但卻沒有標明。◇
