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疫情趨緩國旅大爆發，衝擊小琉球生態環境，根據屏東縣政府委託學界調查發現，因極端氣候降大雨、觀光旅遊、島上廢水排放等，小琉球珊瑚覆蓋率及潮間帶受到重創，比墾丁還要嚴重，且近年的生物種類及數量銳減高達八成。最近幾週遊客又大量登島，令學界相當擔憂。
屏東縣政府委託中山大學、海生館等團隊調查發現，小琉球潮間帶因觀光過度發展，造成生物種類及數量銳減，尤其今年初乾旱加上夏季大雨，造成棘皮動物如海參、陽隧足、海膽，因受不了環境劇烈變動而大量死亡。其中肚仔坪的海參估計死亡超過5萬隻；梅氏長海膽死亡數量可能高達30餘萬隻。
海生館研究員樊同雲指出，小琉球環島沿海珊瑚覆蓋率2020年降至20%左右，遊憩活動密集區更是低到10%以下，珊瑚覆蓋率縮減超過一倍，且較遊客密集的墾丁國家公園的珊瑚覆蓋率30%左右更為嚴重。
學者們提出四項建議：一、建立有科學基礎之管理措施，減少人為影響；二、改善島上排水系統，減少雨水及生活廢汙水排入潮間帶；三、加強對敏感生物的研究，提出合適的保育做法；四、建立生態的「韌性」（Resilience），讓生態系統遭遇自然、人為干擾或創傷後，盡速恢復自我修復的能力；建議透過科學調查尋找適合的區域作為核心保育區或生物微避難所，增加棲地韌性。
屏東縣政府也強調，已持續委託研究團隊針對小琉球潮間帶進行科學調查，並調整相關管制措施，目前規劃降低人為因素對環境衝擊，包括增設導覽線建置、禁止每年4月1日至6月15日的繁殖期夜間導覽及禁止寵物進入等。
