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李惠仁當了15年社會記者，2008年40歲那一年，毅然辭掉媒體工作，轉而成為獨立記者與獨立導演。他於2009年完成第一部紀錄片《睜開左眼》，描繪電視臺如何產製業配節目。
紀錄片導演李惠仁。（李惠仁提供）李惠仁在「【媒度Salon】媒體x紀錄片」座談會中提到，業配新聞所有的畫面，所有的受訪者都是假的，受訪者很多時候是電視臺安排的，紀錄片導演楊力州看到這部片子說，原來業配新聞是這樣做出來，他覺得非常驚訝。
李惠仁自己也做過業配新聞，他不諱言當時他最喜歡去跑業配新聞，只要拿攝影機出去走一走，隨便拍一點東西，也不用發新聞，最多就剪個一分鐘畫面當片尾，就可以開心過一個下午。
李惠仁過去在某家媒體工作時的主管攝影組長小廖，因為調到業務區，被迫去跑業配新聞，小廖說他知道自己在墮落，所以他常常勉勵自己，「你可以墮落，但，你要知道自己是墮落，而不是，沾沾自喜的。」
這句話讓李惠仁感觸很深。2012年7月25日學生到NCC抗議旺旺中時併購中嘉案，衍生旺中案走路工事件，引爆反媒體壟斷運動。李惠仁回憶道，在反媒體壟斷一場記者會上，中天的記者不斷跳針的問時任中研院法律研究所副研究員黃國昌，「你讓中研院蒙羞，你要不要道歉？」
記者會結束後，李惠仁跟那位因為《不能戳的秘密》採訪過他的記者打招呼說，「哎，你辛苦了」，沒想到記者竟然回答，「我今天是代班的，我出門的時候我還有做功課，否則我沒有辦法一直問、一直問。」
紀錄片導演李惠仁認為，很多人誤以為平衡報導就是正確的報導，其實不一定。（李惠仁提供）李惠仁當時看到那位記者，不知道自己是墮落的，卻還沾沾自喜。後來隔沒有多久，那位記者跳槽到立場不同的媒體，他所做的新聞報導竟然來個180度大轉變。
「電視臺記者剛入行薪資不高，所以很多記者要靠跳槽去加薪。」李惠仁說，這些記者在不同的臺裡，知道應該如何做新聞來迎合長官。這讓他覺得很痛心，也很難過，為什麼媒體環境會變成這個樣子。
官僚謊言 噓，不能戳的秘密
《睜開左眼》之後，2011年李惠仁推出《不能戳的秘密1：政府病毒》。他表示，《不能戳的秘密1》調查（2006~2011年）禽流感病毒，因為政府的不作為，已從低病原變成高病原。他採取很多方式，包括找出世界動物衛生組織（OIE）規範，辨識官員是否曲解條文、撿死雞解剖做核酸檢測（PCR）等，後來農委會被逼不得不承認。
李惠仁在《不能戳的秘密1》片中指出，雖然他們利用全世界採認的分子檢驗科技，檢驗出4個鹼性胺基酸，然而卻依舊無法公布結果，原因是他沒辦法進行只有在家衛所第三實驗室才能進行的動物試驗，少了這項掌握在官方的實驗，官僚系統絕對可以任意曲解他們的檢體報告。
他提到，記者與官員在知識上有落差時，很容易被官員欺騙。他跟農委會第一次交手，就發現他們很喜歡曲解OIE規範原文。因為官員知道記者要做平衡報導，他就講一段記者聽不懂，99%的觀眾也聽不懂的話，其實就是在欺騙，「官員的謊言就跟病毒一樣，它會不斷的被複製。」
李惠仁在某電視臺的老同事與媽媽看完《不能戳的秘密1》之後，他媽媽說，惠仁這樣擋人財路，不知道有什麼危險，叫他不要再拍了。李惠仁接到這位老同事的電話，決定拍《不能戳的秘密2：國家機器》（2013年），繼續戳破官僚謊言。
紀錄片導演李惠仁，作品包括《不能戳的祕密》1~3、《瓶果的資位》等。（李惠仁提供）李惠仁坦承，很多官員看到《不能戳的秘密》1與2內容，有很多電話錄音，他們說，以後看到09XXXXXXXX這個電話不要接，因為那是李惠仁，他會電話錄音，做成紀錄片放在網路上都不下架。
立法院2014年通過俗稱「李惠仁條款」的《動物傳染病防治條例》修正案，明定「除特定公家機關，任何人不得公開疫情」。李惠仁表示，條款1.0，如果有人去撿死雞、死鴨解剖，然後公布結果要罰50萬；2019年非洲豬瘟，很多人散布非洲豬瘟的消息，李惠仁條款1.0修正成2.0，「故意散播有關動物傳染病之謠言或不實訊息」最高罰100萬。
《不能戳的秘密1》拍完後，李惠仁希望在電視臺播出，但都被拒絕，理由是它們都有農委會的業配，不適合。後來《蘋果動新聞》的負責人打電話請求授權播映，上架後，李惠仁說，這部片子有200多萬點擊率，是《動新聞》有史以來最長的影片，將近70分鐘。
文情並茂的信 准拍《蘋果的滋味》
《蘋果的滋味》2015年首播，李惠仁表示，為了拍這部片子，他寫了一封文情並茂的信給《蘋果日報》創辦人黎智英說，《蘋果日報》在臺灣，引起媒體生態很大的改變，是臺灣的新聞圈裡很重要的一頁。他還做好準備，萬一黎智英不讓他拍，他會用偷拍跟動訊的方式，來做《蘋果的滋味》。
前臺灣《蘋果日報》行政總裁葉一堅找李惠仁去聊聊。葉一堅說，「給你拍也不是不行。但是你應該不會罵我們吧。」李惠仁想都沒想就回答，「我一定會罵你們，我如果沒有罵你們，你們一定很看不起我。」葉一堅哈哈大笑，就讓李惠仁進《蘋果日報》採訪報導。
李惠仁目前打算拍《蘋果的滋味2》，因為《蘋果日報》已經被清算，唯一的香火慈善基金會還在《蘋果日報》那棟大樓裡，另一部分是香港現在的困境，很多人都離開香港到英國去了，所以這個計畫可能會跑很多地方。
李惠仁表示，當時會拍《蘋果》，是想用紀錄片去記錄，可是意外的目前全世界，就他手上有最多的《蘋果》資料。香港現在很慘，黎智英的官司等，沒有人敢談，隨便談都會扣上《港區國安法》的帽子，所以香港是不可能拍的，反而是他在臺灣有可能。
平衡報導 不一定正確
「平衡報導是一種文體」，李惠仁指出，很多人誤以為平衡報導就是正確的報導，其實不一定。平衡報導是現在主流，充分去表達兩造、兩邊的看法，讓讀者自己去判斷，就是盡量做到平衡，現在很多記者把它奉為圭臬。
李惠仁說，但有一些記者與消息來源，可能有知識上的落差，比如說《不能戳的秘密》裡面，官員講一個聽不懂、很深奧的東西，記者沒有辦法判斷到底他講的是真或假，記者就拿來引用，也認為報導完成了，「可是很多時候是他騙你，他刻意去曲解一個文字。」如果沒有知識上的落差，就可以當場說，根本不是這樣解釋，這是惡意欺騙。
紀錄片導演李惠仁說，記者與官員在知識上有落差時，很容易被官員欺騙。（李惠仁提供）李惠仁提到，兩造的說法有時候是看到兩個不同的面向，觀點會不一樣，以電影《硫磺島戰役》為例，那部電影拍了日軍與美軍兩個觀點，完全不一樣，當然在史觀裡也會不一樣。
「但是知識落差部分，我們看到有權勢的人或官員，試著想要欺騙你的時候，他就會用這種方式來騙你，我自己當記者常常遇到，這也是為什麼要做調查報導，你就能戳破他們的謊言。」李惠仁說。
針對有時迫於截稿時間，根本沒辦法查證，李惠仁表示，查證的確很困難，但為什麼要趕著出稿呢？如果是長官要求，長官要檢討，如果錯了，長官要扛嗎？或者是要趕快去做修正，每個人都有可能會做錯新聞，但是修正是重要的，事後也要道歉。◇
